Narzędzia i usługi

Prezentowana filogeneza obrazuje ewolucyjne związki między poszczególnymi izolatami SARS-CoV-2 w trakcie trwającej pandemii COVID-19 ze szczególnym uwzględnieniem obszaru Polski. Naszym celem jest analiza jak największej liczby genomów SARS-CoV-2 od osób zakażonych w Polsce. Na mapie prezentujemy dodatkowo sekwencje genomowe wirusa pochodzące z innych krajów europejskich, a także, w mniejszym, stopniu z pozostałych regionów świata, dla dostarczenia pełniejszego kontekstu filogenetycznego. Kontekst ten jest ważny dla zrozumienia, jak poszczególne ogniska zakażeń są ze sobą związane oraz w jaki sposób wirus rozprzestrzenia się po całym globie.
Podkreślamy, że bezpośredni związek pomiędzy próbkami widoczny na drzewie filogenetycznym niekoniecznie oznacza istnienie bezpośredniego związku epidemiologicznego pomiędzy nimi. Próbkowanie i badania genomów koronawirusa są niekompletne oraz heterogenne, a nowe mutacje pojawiają się średnio co około 2 tygodnie. Z tych względów, wydłużone okresy, w których nie zidentyfikowano nowych mutacji nie są rzadkie, co utrudnia wnioskowanie o bezpośrednim związku pomiędzy zakażeniami bądź o kierunku transmisji wirusa wyłącznie na podstawie zebranych informacji filogenetycznych.