Krajowy węzeł danych i platforma badawcza COVID-19

Trwająca pandemia COVID-19, choroby wywoływanej przez wirusa ciężkiego ostrego zespołu oddechowego 2 (ang. severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV-2) stanowi bezpośrednie zagrożenie zdrowia i życia ludzi w skali całego świata. Zwalczanie pandemii i przeciwdziałanie jej skutkom wymaga skoordynowanej współpracy międzynarodowego środowiska naukowego. Aby ułatwić przepływ informacji i przyspieszyć badania naukowe, Europejski Instytut Bioinformatyki (EMBL-EBI) wraz z instytucjami partnerskimi uruchomił Europejską Platformę Danych COVID-19 (COVID-19 Data Portal), która ma stanowić wspólną przestrzeń wymiany i analizy danych dotyczących SARS-CoV-2 i COVID-19.

Dodaj swoje bazy danych i repozytoria
w kierunku terapii na COVID-19

Epidemiologia genomiczna hCoV-19 w Polsce

COVID-19 Data Portal Poland prowadzi analizę i interpretację wyników epidemiologii genomicznej i ewolucji SARS-CoV-2 w Polsce w celu wsparcia decyzji podejmowanych w trakcie pandemii.

Prezentowana filogeneza pokazuje ewolucyjne związki między poszczególnymi izolatami SARS-CoV-2 w trakcie trwającej pandemii COVID-19 ze szczególnym uwzględnieniem obszaru Polski. Naszym celem jest analiza jak największej liczby genomów SARS-CoV-2 od osób zakażonych nowym koronawirusem w Polsce. Ponadto prezentujemy także genomy wirusa z innych krajów europejskich, a także w mniejszym stopniu z pozostałych regionów świata dla dostarczenia kontekstu filogenetycznego. Kontekst ten jest ważny do zrozumienia jak poszczególne ogniska zakażeń są ze sobą związane oraz w jaki sposób wirus rozprzestrzenia się po całym globie.

Źródła danych

Krajowa platforma COVID-HUB-PL ma zapewnić wsparcie dla współpracy różnych instytucji naukowo-badawczych oraz ekspertów, reprezentujących naukowców z dyscyplin takich jak biologia, chemia, informatyka, naukowców w dyscyplinie nauk medycznych, epidemiologów i klinicystów wokół wspólnej (w wymiarze globalnym) przestrzeni danych badawczych. Zadaniem węzła jest orkiestracja przepływu danych dotyczących COVID-19 oraz SARS-CoV-2 dla referencyjnych źródeł danych na poziomie europejskim i światowym, przy jednoczesnej budowie i połączeniu krajowych repozytoriów danych medycznych oraz epidemiologicznych. Platforma COVID-HUB-PL jako węzeł krajowy będzie dostarczała dane na temat sekwencji kwasów nukleinowych oraz białek, „sequence data” dotyczących struktury i zmian SARS-CoV-2, danych kluczowych w walce z jego wykrywaniem i opracowaniem szczepionki. W ramach węzła krajowego integrowane będą również dane np. geograficzne dotyczące rozprzestrzeniania, szybkości mutacji, objawów, skali wieku osób zarażonych niezbędne do prowadzenia badań naukowych.

Rejestry i repozytoria danych

Krajowy Rejestr Pacjentów z COVID-19

Podmiotem prowadzącym Krajowy Rejestr Pacjentów z COVID-19 jest Narodowy Instytut Kardiologii Stefana Kardynała Wyszyńskiego – Państwowy Instytut Badawczy w Warszawie zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Zdrowia z dnia 7 kwietnia 2020 r.

Repozytoria i wyniki badań w zakresie zmienności genetycznej SARS-CoV-2

Nowe źródła danych potrzebne są do poszukiwania sekwencji genów wirusa, analiz bio-informatycznych oraz procesów optymalizacji wyboru i doboru różnych warunków oraz parametrów opisujących wirtualny model pandemii SARS-CoV-2 oraz jego rozprzestrzeniania się na terenie Polski i świata.

Dane obrazowe

Dane obrazowe pacjentów z COVID-19

Referencyjne bazy danych obrazowych pozyskanych w wyniku przeprowadzonych badań RTG osób chorych na COVID-19.

Usługi i narzędzia analityczne

Analiza danych

Narzędzia wsparcia w procesach analityczno-decyzyjnych, integracji i zdalnego dostępu do referencyjnych baz danych dotyczących SARS-CoV-2 w Europie i na świecie

Wizualizacja

Zaawansowana wizualizacja genomów SARS-CoV-2

Inne narzędzia

Narzędzia teleinformatyczne zapewniające pracownikom naukowym i klinicystom w kraju dostęp do zaawansowanego laboratoriów cyfrowych w ramach Platformy COVID-HUB

Integracja i dostęp do zewnętrznych źródeł danych

Narzędzia do analizy, symulacji i wizualizacji wyników badań w ramach Platformy COVID-HUB-PL będą rozbudowane o dodatkowe narzędzia umożliwiające współpracę z innymi sieciami naukowymi, bazami i repozytoriami danych. Integracją będzie obejmowała zewnętrzne naukowe źrodła danych opracowywane przez European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) w zakresie badań nad wirusem SARS-CoV-2, który wchodzi w skład Europejskiego Laboratorium Biologii Molekularnej (EMBL) oraz World Health Organization (WHO).