Projekty badawczo-rozwojowe

Przykładowe działania podjęte przez zespoły naukowe w Polsce

Obszar prac badawczo-rozwojowychInstytucjaWyniki badań i publikacje
PHIRI to wdrożenie infrastruktury badawczej dotyczącej informacji o zdrowiu publicznym w celu uzyskania wiedzy na temat możliwości poprawy zdrowia i dobrostanu osób dotkniętych COVID-19.Ministerstwo Zdrowia, Departament Analiz i Strategiiopis projektu
Inhibitory polimerowe (pochodne chitosanu) hamujące zakażenie SARS-CoV-2 i MERS-CoV poprzez oddziaływanie z białkiem S. Badania dot. mechanizmów wnikania wirusa do komórek.Pracownia Wirusologii, Małopolskie Centrum Biotechnologii UJ w Krakowie​HTCC as a highly effective polymeric inhibitor of SARS-CoV-2 and MERS-CoV (preprint)
Badania dotyczące zależności pomiędzy polimorfizmem genów zaangażowanych we wnikanie SARS-CoV-2 do komórki gospodarza (ACE2 i TMPRSS2), a przebiegiem COVID-19; poszukiwanie nowych skutecznych inhibitorów białka TMPRSS2.Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniuopis projektu
Charakterystyka biochemiczna białka MPro - głównej proteazy SARS-CoV-2.Katedra Chemii Biologicznej i Bioobrazowania, Wydział Chemii Politechniki WrocławskiejSubstrate specificity profiling of SARS-CoV-2 main protease enables design of activity-based probes for patient-sample imaging (preprint)
Wspomagana komputerowo synteza substancji stosowanych w terapii COVID-19.Zespół XI, Instytut Chemii Organicznej PAN w WarszawieComputer-Assisted Planning of Hydroxychloroquine’s Syntheses Commencing from Inexpensive Substrates and Bypassing Patented Routes (preprint)
Badania strukturalne białek SARS-CoV-2 na potrzeby procesu opracowywania nowych leków antywirusowych.Laboratorium Struktury Białek, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawiehttps://www.exscalate4cov.eu/

Kto i gdzie może uzyskać wsparcie?

W celu pozyskania środków finansowych na badania nad COVID-19 zespoły naukowe mogą ubiegać się o wsparcie i środki finansowe w ramach różnych krajowych konkursów wspierających szeroki zakres  projektów badawczo-rozwojowych. W ramach platformy COVID-HUB-PL możliwe jest wsparcie nowych projektów poprzez spójny dostęp do różnych źródeł danych, wykorzystanie infrastruktury teleinformatycznej nauki oraz dedykowanych usług i narzędzi analitycznych opracowanych do walki z pandemią COVID-19 w Polsce, Europie i na świecie.



Wdrożenia wyników prac badawczo-rozwojowych w Polsce

Planowane są dalsze badania naukowe w zakresie zmienności genetycznej SARS-CoV-2 oraz identyfikacji biomarkerów i czynników ryzyka w przebiegu COVID-19 w celu stworzenia modelu pandemii SARS-CoV-2 na obszarze Polski we współpracy z różnymi jednostkami naukowymi wokół wspólnej przestrzeni danych badawczych współdzielonych oraz udostępnianych na platformie COVID-HUB-PL.

REGIONAL COVID-HUB

Logotyp projektu Regional Covid-HUB Wielkopolska      

W ramach projektu REGIONAL COVID-HUB planowane jest wykorzystanie wygenerowanych w ICHB PAN danych NGS dotyczących próbek pochodzących z Wielkopolski do stworzenia (i) wirtualnego modelu pandemii SARS-CoV-2 w województwie i (ii) określenia, jaki wpływ na przebieg COVID-19 ma wewnątrzosobnicza zmienność SARS-CoV-2. Ponadto, wykorzystując materiał biologiczny zgromadzony w ICHB PAN przeprowadzone zostanie dodatkowo sekwencjonowanie ukierunkowane na współwystępujące z SARS-CoV-2 patogeny układu oddechowego, w tym inne koronawirusy. Dla wybranych prób przeprowadzone zostanie również sekwencjonowanie ludzkiego RNA, które pozwoli określić polimorfizm genetyczny i poziomy ekspresji wybranych genów kodujących białka potencjalnie zaangażowane we wnikanie SARS-CoV-2 do komórek oraz białka uczestniczące w odpowiedzi odpornościowej.

Zaproponowany w projekcie schemat badawczo-rozwojowy zakłada przeprowadzenie szeregu wyspecjalizowanych analiz z wykorzystaniem wysokoprzepustowych metod badawczych wymagających znacznej mocy obliczeniowej. Sekwencje genomowe SARS-CoV-2 poddane zostaną analizie filogenetycznej poprzez wzajemne porównanie wszystkich znanych sekwencji SARS-CoV-2 w Polsce, Europie i na świecie. Tak przetworzone dane wraz z informacją o czasie diagnozy i miejscu pochodzenia osoby zakażonej zostaną zwizualizowane jako interaktywna mapa pandemii SARS-CoV-2 w Wielkopolsce.

Dane charakteryzujące współistniejące patogeny układu oddechowego zostaną zmapowane do bazy genomów referencyjnych takich patogenów. Uzyskany wynik będzie zarówno jakościowy jak i ilościowy. Towarzyszące tym zbiorom dane NGS wygenerowane dla ludzkiego RNA zostaną wykorzystane do ilościowej oceny ekspresji genów związanych z infekcją oraz odpowiedzią immunologiczną. Dodatkowe metadane opisujące miejsce pochodzenia osoby zakażonej, czas diagnozy oraz przebieg COVID-19 zostaną uzyskane z Krajowego Rejestru Pacjentów z COVID-19.

Zakładamy wykorzystanie wszystkich dostępnych danych w zakresie regulowanym Rozporządzeniem Ministra Zdrowia z dnia 7 kwietnia 2020 w sprawie Krajowego Rejestru Pacjentów z COVID-19 (Dz. U. 2020 poz. 625). Na podstawie uzyskanego zestawu danych dokonamy analiz asocjacji między zmierzonymi parametrami a przebiegiem COVID-19.