W czasie infekcji SARS-CoV-2 jak każdy wirus RNA namnaża się, co prowadzi do akumulacji losowych mutacji w jego genomie. W trakcie transmisji między poszczególnymi osobami ten wzór mutacji rozprzestrzenia się. Dzięki temu zjawisku jest możliwe śledzenie rozprzestrzeniania się patogenu w czasie i przestrzeni.
Aplikacja genomicznej mapy pandemii pozwala na prześledzenie tej ewolucji SARS-CoV-2. Dzięki danym pochodzącym z sekwencjonowania nowej generacji materiału genetycznego wirusa wyznaczane są mutacje w ich genomach, będące podstawą do zbudowania interaktywnej mapy. Dzięki dużemu wachlarzowi funkcji aplikacja dostarcza informacji na temat tempa akumulacji mutacji, dynamiki ich przyrostu w czasie oraz rozmieszczenia geograficznego. Dla lepszego kontekstu oceny rozwoju pandemii w Polsce prezentowane są także dane o zmienności genetycznej SARS-CoV-2 z innych krajów Europy. Genomiczna mapa pandemii jest stale rozszerzana o kolejne sekwencje genomowe wirusa w celu zbudowania jak najpełniejszego obrazu rozwoju pandemii. Docelowo mapa będzie zawierać około 3 tysiące pełnych genomów SARS-CoV-2.
Struktura i kompozycja quasi-gatunków SARS-CoV-2
Od początku pandemii COVID-19 podjęto szeroko zakrojone badania naukowe mające na celu zrozumienia nowego patogenu jakim jest SARS-CoV-2. Prym wiodą wysokoprzepustowe badania genomiczne. Obecne podejścia nie pozwoliły jednak jeszcze kompleksowo zbadać ewolucji wirusa wewnątrz organizmu człowieka. Wiadomo jednak, że wirusy RNA występują w zakażonych organizmach jako quasi-gatunek, tj. złożone i dynamiczne populacje wariantów, które odgrywają kluczową rolę w adaptacji tych patogenów do zmieniających się środowisk. Ponadto badania z udziałem innych wirusów RNA (np. HCV lub polio) wykazały, że struktura quasi-gatunkowa może być związana z wynikiem terapii.
Jak dotąd niewiele wiadomo na temat znaczenia quasi-gatunków w kontekście zakażenia SARS-CoV-2. Aby rozwiązać ten problem wykorzystujemy dane zebrane na COVID-19 Data Portal, i za ich pomocą rekonstruujemy strukturę quasi-gatunków SARS-CoV-2 oraz badamy w jaki sposób przebiega jego ewolucja w organizmie człowieka oraz jakie czynniki i w jaki sposób na nią wpływają.
https://nextstrain.covidhub.psnc.pl/ncov/poland