Projekty badawczo-rozwojowe
Przykładowe działania podjęte przez zespoły naukowe w Polsce
| Obszar prac badawczo-rozwojowych | Instytucja | Wyniki badań i publikacje |
|---|---|---|
| PHIRI to wdrożenie infrastruktury badawczej dotyczącej informacji o zdrowiu publicznym w celu uzyskania wiedzy na temat możliwości poprawy zdrowia i dobrostanu osób dotkniętych COVID-19. | Ministerstwo Zdrowia, Departament Analiz i Strategii | opis projektu |
| Inhibitory polimerowe (pochodne chitosanu) hamujące zakażenie SARS-CoV-2 i MERS-CoV poprzez oddziaływanie z białkiem S. Badania dot. mechanizmów wnikania wirusa do komórek. | Pracownia Wirusologii, Małopolskie Centrum Biotechnologii UJ w Krakowie | HTCC as a highly effective polymeric inhibitor of SARS-CoV-2 and MERS-CoV (preprint) |
| Badania dotyczące zależności pomiędzy polimorfizmem genów zaangażowanych we wnikanie SARS-CoV-2 do komórki gospodarza (ACE2 i TMPRSS2), a przebiegiem COVID-19; poszukiwanie nowych skutecznych inhibitorów białka TMPRSS2. | Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu | opis projektu |
| Charakterystyka biochemiczna białka MPro - głównej proteazy SARS-CoV-2. | Katedra Chemii Biologicznej i Bioobrazowania, Wydział Chemii Politechniki Wrocławskiej | Substrate specificity profiling of SARS-CoV-2 main protease enables design of activity-based probes for patient-sample imaging (preprint) |
| Wspomagana komputerowo synteza substancji stosowanych w terapii COVID-19. | Zespół XI, Instytut Chemii Organicznej PAN w Warszawie | Computer-Assisted Planning of Hydroxychloroquine’s Syntheses Commencing from Inexpensive Substrates and Bypassing Patented Routes (preprint) |
| Badania strukturalne białek SARS-CoV-2 na potrzeby procesu opracowywania nowych leków antywirusowych. | Laboratorium Struktury Białek, Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie | https://www.exscalate4cov.eu/ |
Kto i gdzie może uzyskać wsparcie?
W celu pozyskania środków finansowych na badania nad COVID-19 zespoły naukowe mogą ubiegać się o wsparcie i środki finansowe w ramach różnych krajowych konkursów wspierających szeroki zakres projektów badawczo-rozwojowych. W ramach platformy COVID-HUB-PL możliwe jest wsparcie nowych projektów poprzez spójny dostęp do różnych źródeł danych, wykorzystanie infrastruktury teleinformatycznej nauki oraz dedykowanych usług i narzędzi analitycznych opracowanych do walki z pandemią COVID-19 w Polsce, Europie i na świecie.
Konkursy i ogłoszenia
| Tytuł dofinansowania | Organizacja | Nabór do: |
|---|---|---|
| Konkurs Szybka Ścieżka „Koronawirusy” | Narodowe Centrum Badań i Rozwoju | Wyniki naboru - runda IWyniki naboru - runda II |
| Dodatkowe środki na opracowanie szczepionki, terapii i rozwój technik szybkich testów diagnostycznych. | Agencja Badań Medycznych | Wyniki naboru. |
| Dodatkowe środki dla beneficjentów Działania 4.4 POIR na badania dotyczące pandemii COVID-19 | Fundacja na rzecz Nauki Polskiej | Wyniki naboru. |
| Szybka ścieżka dostępu do funduszy na badania nad COVID-19 | Narodowe Centrum Nauki | Wyniki naboru. |
| Ogłoszenie konkursu ALPHORN–COVID-19 | Narodowe Centrum Nauki | Nabór wniosków zakończony 26 maja 2020 r. |
| COVID-19 Research Credits Program | Nabór wniosków w trybie ciągłym. |
Wdrożenia wyników prac badawczo-rozwojowych w Polsce
Planowane są dalsze badania naukowe w zakresie zmienności genetycznej SARS-CoV-2 oraz identyfikacji biomarkerów i czynników ryzyka w przebiegu COVID-19 w celu stworzenia modelu pandemii SARS-CoV-2 na obszarze Polski we współpracy z różnymi jednostkami naukowymi wokół wspólnej przestrzeni danych badawczych współdzielonych oraz udostępnianych na platformie COVID-HUB-PL.
ELIXIR-CONVERGE
Od grudnia 2021 rozwój rozwiązań infrastrukturalno-usługowych oraz narzędziowych oferowanych przez ICHB PAN wraz z afiliowanym PCSS za pośrednictwem COVID-19 Data Portal Poland jest realizowany w ramach projektu ELIXIR-CONVERGE (pakiet roboczy WP9: Mobilisation of SARS-CoV-2 variant surveillance data tracking services and tools).
Celem projektu ELIXIR-CONVERGE jest wsparcie procesów standaryzacji zarządzania danymi z obszaru nauk przyrodniczych w Europie. Pakiet roboczy WP9 projektu skupia się w szczególności na wypracowaniu rozwiązań umożliwiających szybkie i w pełni otwarte udostępnianie danych genomowych SARS-CoV-2 pozwalających na monitorowanie i śledzenie zmienności genetycznej wirusa. Cele te są zbieżne z aktywnościami realizowanymi przez COVID-19 Data Portal Poland w zakresie mobilizacji i publicznego udostępniania danych dotyczących COVID-19.
Projekt ELIXIR-CONVERGE jest finansowany przez Komisję Europejską od lutego 2020 r. do stycznia 2023 r. W jego realizację zaangażowane są jednostki naukowe z ponad 20 krajów Europy. Za koordynowanie inicjatywy odpowiada Europejski Instytut Bioinformatyki (EMBL-EBI) wspólnie z wieloma partnerami rozwijający europejską infrastrukturę nauki ELIXIR, a także Europejską Platformę Danych dot. COVID-19, której częścią jest COVID-19 Data Portal Poland.
https://elixir-europe.org/about-us/how-funded/eu-projects/converge
https://elixir-europe.org/about-us/how-funded/eu-projects/converge/wp9
REGIONAL COVID-HUB
W ramach projektu REGIONAL COVID-HUB planowane jest wykorzystanie wygenerowanych w ICHB PAN danych NGS dotyczących próbek pochodzących z Wielkopolski do stworzenia (i) wirtualnego modelu pandemii SARS-CoV-2 w województwie i (ii) określenia, jaki wpływ na przebieg COVID-19 ma wewnątrzosobnicza zmienność SARS-CoV-2. Ponadto, wykorzystując materiał biologiczny zgromadzony w ICHB PAN przeprowadzone zostanie dodatkowo sekwencjonowanie ukierunkowane na współwystępujące z SARS-CoV-2 patogeny układu oddechowego, w tym inne koronawirusy. Dla wybranych prób przeprowadzone zostanie również sekwencjonowanie ludzkiego RNA, które pozwoli określić polimorfizm genetyczny i poziomy ekspresji wybranych genów kodujących białka potencjalnie zaangażowane we wnikanie SARS-CoV-2 do komórek oraz białka uczestniczące w odpowiedzi odpornościowej.
Zaproponowany w projekcie schemat badawczo-rozwojowy zakłada przeprowadzenie szeregu wyspecjalizowanych analiz z wykorzystaniem wysokoprzepustowych metod badawczych wymagających znacznej mocy obliczeniowej. Sekwencje genomowe SARS-CoV-2 poddane zostaną analizie filogenetycznej poprzez wzajemne porównanie wszystkich znanych sekwencji SARS-CoV-2 w Polsce, Europie i na świecie. Tak przetworzone dane wraz z informacją o czasie diagnozy i miejscu pochodzenia osoby zakażonej zostaną zwizualizowane jako interaktywna mapa pandemii SARS-CoV-2 w Wielkopolsce.
Dane charakteryzujące współistniejące patogeny układu oddechowego zostaną zmapowane do bazy genomów referencyjnych takich patogenów. Uzyskany wynik będzie zarówno jakościowy jak i ilościowy. Towarzyszące tym zbiorom dane NGS wygenerowane dla ludzkiego RNA zostaną wykorzystane do ilościowej oceny ekspresji genów związanych z infekcją oraz odpowiedzią immunologiczną. Dodatkowe metadane opisujące miejsce pochodzenia osoby zakażonej, czas diagnozy oraz przebieg COVID-19 zostaną uzyskane z Krajowego Rejestru Pacjentów z COVID-19.
Zakładamy wykorzystanie wszystkich dostępnych danych w zakresie regulowanym Rozporządzeniem Ministra Zdrowia z dnia 7 kwietnia 2020 w sprawie Krajowego Rejestru Pacjentów z COVID-19 (Dz. U. 2020 poz. 625). Na podstawie uzyskanego zestawu danych dokonamy analiz asocjacji między zmierzonymi parametrami a przebiegiem COVID-19.